Đến năm 2003, người Đồng Kỵ là Nguyễn Văn Năm (Huyền) tâm niệm nơi đây là Cổ Am Tự, một nơi thờ kính tôn linh nên đã xây một cái miếu nhỏ để thờ Phật. Hiện nay, các cụ vãi đề nghị dân phục hồi chùa Am.
Chùa Đông Lai (Chùa Trên) thời kỳ đại tu. Ngôi chùa nằm trên một khuôn viên cổ kính khang trang như ngày nay đã được ông cha tổ tiên xây dựng, đến nay được 185 năm. Dưới chế độ ta, chùa đã trải qua 3 thời kỳ trùng tu, tôn tạo, đại tu.
Thời kỳ thứ nhất, xây dựng lại tòa nhà thờ Tổ và điện thờ Mẫu. Trước đây, sư cụ Đàm Trung trụ trì, chùa được cụ tu sửa nhỏ, cứ hư đâu sửa đấy hược làm thêm công trình phụ. Đến nay, tòa nhà thờ Tổ và điện thờ Mẫu (7 gian) sau gần 2 thế kỷ xây dựng đã xuống cấp, vì thế, chính quyền, Mặt trận làng, hội người cao tuổi, ban khánh tiết và toàn dân đã nhất trí trùng tu tòa nhà này. Ban hương công được thành lập gồm 8 người, cử ra ban thường trực, còn các ủy viên chịu trách nhiệm từng khâu, từng sự việc mộc, nề…
1) Ông Ngô Hữu Giao, trưởng ban hương công (đại biểu trưởng thôn)
2) Ông Vũ Thái Kính, phó ban hương công, trưởng ban Mặt trận làng
3) Ông Nguyễn Văn Lương, thư ký (phụ trách kế toán), đại biểu xóm Đá
4) Ông Ngô Hữu Hùng, thủ quỹ
5) Ông Ngô Hữu Thường, ủy viên (Hội nông dân)
Trước ngày khởi công và trong quá trình trùng tu nhà Tổ, được sự thành tâm công đức của ít lòng nhiều của toàn dân, đã công đức được 3.500.000 đồng. Ngày 01-06-1992 (Nhâm Thân), ban hương công báo cáo quyết toán tổng số chi công trình nhà Tổ và điện Mẫu hết hơn 5.600.000 đồng, còn thiếu 2.100.000 đồng và số đó được trích từ quỹ xây dựng của làng.
Để đúng quy định của Giáo hội Phật giáo Việt Nam, lúc đó, tháp (mộ) sư của các vị tăng ni phải để ở ngoài chùa, nên chính quyền, Mặt trận làng, đoàn thể quần chúng, ban chấp tác nhà chùa đã di chuyển 2 ngôi tháp sư, sư cụ Đàm Trung và sư cụ Đàm Nội ra ngoài bãi cổng chùa cho cao ráo phong quang.